El área de cromatografía posee además de los laboratorios dedicados al análisis de residuos, dos laboratorios cromatograficos para el análisis de la composición de alimentos. Uno de ellos está equipado con cromatografos liquidos de alta performance, con detectores de espectroscopia UV/Visible y Fluorescencia (HPLC-UV y HPLC-FLD). En este laboratorio se realizan determinaciones tales como vitaminas, conservantes, cafeína y antioxidantes.
Un segundo laboratorio de cromatografía, está equipado con un cromatografo gaseoso con detector de ionización por llama o (CG-FID). En este laboratorio se analiza la composición lipídica de los alimentos, descrinando en su composición de acidos grasos, distintos tipos de grasas (Saturadas, mono y poliinsaturadas), grasas trans y colesterol. Relación oleico/linoleico, e índice de iodo.